Nel periodo di maggior diffusione dei monasteri cluniacensi, tra il 1100 e il 1150, sorse a Voltorre il monastero benedettino di San Michele, che raggiunse notevole fama e ricchezza. Nel 1348 fu concesso in commenda e poi nel 1519 venduto ai canonici lateranensi di Santa Maria della Passione di Milano, i quali lo abbandonarono definitivamente nel 1798 in seguito ai decreti napoleonici di requisizione dei beni degli ordini religiosi.
Venduto a privati, venne adibito a fattoria e gravemente danneggiato nel 1913 da un incendio. Ciò che resta del Chiostro è stato riconosciuto monumento nazionale nel 1911 ed è ora di proprietà della Provincia di Varese, che ne utilizza lo spazio per mostre e convegni.
Il complesso è costituito dal chiostro vero e proprio, dalla torre, dalla chiesa e da alcuni locali che nel lato sud si ripetono al primo piano e sono adibiti a mostre.
Il chiostro è uno splendido esempio di architettura romanica lombarda: è composto da quarantasei colonnine architravata su tre lati e con archi a pieno centro in mattoni sul quarto. Su uno dei capitelli si leggeva in passato l'iscrizione Mastro Lanfranco figlio di Domegarzio da Ligurno, uno dei più noti scultori varesini dell'epoca.
La torre campanaria è in realtà una struttura fortificata di epoca altomedievale.
La chiesa di S. Michele è posta in direzione del lago, un tempo molto più vicino e probabilmente venne edificata su una struttura preesistente di epoca longobarda.
